Begonja je stigao iz NK Kustošije, u kojoj je stigao prošlog ljeta, a nakon što je prethodno napustio Hajduk. Prošle sezone odigrao je 23 utakmice, postigao dva pogotka te bio standardan član udarne postave, prosječno provodeći više od 80 minuta na terenu po susretu.
U omladinskom pogonu Hajduka prošao je sve mlađe kategorije te nosio kapetansku vrpcu juniorske momčadi. Bio je dio generacije koja je izborila nastup u finalu UEFA Lige prvaka mladih, no u odlučujućem susretu ostao je neiskorištena zamjena, prenosi index.hr.