Osnovna zadaća Saveza je poticanje i organizacija školskog sporta te uključivanje što većeg broja djece i mladih u sportske aktivnosti. Sustav školskog sporta obuhvaća službena natjecanja u 13 sportova za osnovne škole, 11 sportova za srednje škole te 8 sportova za učenike do 6. razreda, u ženskoj i muškoj konkurenciji. Tijekom sezone organizira se oko stotinjak županijskih natjecanja u koja je uključeno približno 4000 učenica i učenika.
Uz natjecanja, Savez provodi niz kontinuiranih i inkluzivnih programa usmjerenih na sportsku obuku, zdravstveno usmjerenu tjelesnu aktivnost, odgojno-obrazovno djelovanje te promociju zdravih životnih navika. U te programe tijekom sezone uključeno je oko 2500 učenica i učenika kroz aktivnosti poput Univerzalne sportske škole, Vježbaonice, Inkluzije u školskom sportu, Sportskih praznika, Obuke neplivača, Vrtim zdravi film, Medicinara u školskom sportu, #BeActive Školskog sportskog dana VŽŽ i drugih. Svi programi su besplatni, provode se tijekom nastavne godine i školskih praznika, stručno su vođeni od strane kvalificiranih kineziologa, koriste školsku sportsku infrastrukturu te su integrirani u školski kurikulum i raspored.